Η εφαρμοσμένη δημόσια οικονομική και πολιτική εστιάζει στις διαδικασίες με τις οποίες δημιουργούνται διάφοροι τύποι πολιτικών και κανονισμών, όπως και τους ευρύτερους οικονομικούς, πολιτικούς και κοινωνικούς παράγοντες.
Το Πρόγραμμα Σπουδών έχει διαμορφωθεί με βάση τις ανάγκες σε θέματα αποτελεσματικής διαχείρισης των δημοσίων οργανισμών. Τα μαθήματα του Π.Μ.Σ. «Εφαρμοσμένη Δημόσια Οικονομική και Πολιτική» διδάσκονται κατά κανόνα στην ελληνική γλώσσα. Το εκπαιδευτικό υλικό που χρησιμοποιείται είναι στην ελληνική ή στην αγγλική γλώσσα. Το Π.Μ.Σ. «Εφαρμοσμένη Δημόσια Οικονομική και Πολιτική» διαρκεί τρία (3) διδακτικά εξάμηνα.
Στο πρώτο εξάμηνο διδασκαλίας του Προγράμματος οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν τέσσερα (4) Υποχρεωτικά μαθήματα. Τα μαθήματα αυτά εισάγουν τους φοιτητές στα βασικά γνωστικά πεδία που διέπουν την Δημόσια Οικονομική και Πολιτική.
Μετά από επιτυχή εξέταση σε όλα τα μαθήματα του πρώτου εξαμήνου, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές επιλέγουν μία από τις δύο προσφερόμενες κατευθύνσεις και ακολουθούν τα μαθήματα του Β΄ εξαμήνου, τα οποία διακρίνονται σε δύο (2) Υποχρεωτικά μαθήματα και σε δύο (2) μαθήματα Επιλογής. Τα μαθήματα Επιλογής δηλώνονται από τους μεταπτυχιακούς φοιτητές στην αρχή του εξαμήνου και πριν από την έναρξη διδασκαλίας των μαθημάτων.
Τα μαθήματα αυτού του εξαμήνου αποσκοπούν στην εμπεριστατωμένη μελέτη της Δημόσιας Οικονομικής και Πολιτικής και περιλαμβάνουν και μαθήματα εξειδίκευσης. Η δυνατότητα επιλογής από τα προσφερόμενα μαθήματα Επιλογής επιτρέπει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές να εξειδικευτούν στα γνωστικά αντικείμενα ιδιαίτερου ενδιαφέροντος γι αυτούς.
Στη διάρκεια του Γ' εξαμήνου οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν σεμινάριο με τίτλο «Εφαρμοσμένη Πολιτική Ανάλυση» και να εκπονήσουν την μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία τους, η οποία αποτελεί αναπόσπαστο μέρος του μεταπτυχιακού προγράμματος. Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία δίνει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές την ευκαιρία να εμβαθύνουν και να αφομοιώσουν όλες τις αποκτηθείσες γνώσεις, να προετοιμαστούν για τις αρμοδιότητες που θα αναλάβουν μετέπειτα στο επαγγελματικό τους περιβάλλον, παρέχοντάς τους την ικανότητα επίλυσης προβλημάτων.